3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanununun Geçici 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasının (b) bendinde, bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az 85'ini yurt dışına ihraç eden mükelleflerin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edileceği hükme bağlanmıştır. 1 seri no.lu Serbest Bölgeler Kanunu Genel Tebliğinin "3.1 Üretilen Ürünlerin FOB Bedeli" başlıklı bölümünde, "3218 Sayılı Kanunun geçici 3 üncü maddesi uyarınca, 1.1.2009 tarihinden geçerli olmak üzere, serbest bölgelerde faaliyette bulunan mükellefler tarafından bölgelerde üretilen ürünlerin toplam FOB bedelinin en az 85 inin yurt dışına ihraç edilmesi kaydıyla, istihdam edilen personele ödenen ücretler gelir vergisinden istisna edilmiştir. Bölge içinde üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin üretime ilişkin istihdam ettikleri tüm personele ödedikleri ücretler gelir vergisinden istisna edilecektir. Üretim faaliyeti ile birlikte başka konularda da faaliyette bulunan mükelleflerin satış, pazarlama, muhasebe, lojistik vb. departmanlarında çalışan personelleri de istisna kapsamında değerlendirilecektir" açıklamalarına yer verilmiştir. 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun "İndirim, İstisna, Destek ve Teşvik Unsurları" başlıklı 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasında "(2) Gelir Vergisi Stopajı Teşviki: kamu personeli hariç olmak üzere,  Ar-Ge merkezlerinde çalışan Ar-Ge ve destek personeli ile bu kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseni gelir vergisinden müstesnadır." hükmüne yer verilmiştir. Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliğinde konuya ilişkin ayrıntılı açıklamalara yer verilmiştir. Buna göre, serbest bölgede kurulan Ar-Ge merkezinizde üretim faaliyetinizle ilgili araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde bulunulması halinde, Ar-Ge merkezinde çalışan personele ödenen ücretlerin de 3218 sayılı Kanunun Geçici 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasının (b) bendinde düzenlenen istisna kapsamında değerlendirilmesi mümkün bulunmaktadır. Diğer yandan, 5746 sayılı Kanunun 3 üncü maddesinin ikinci fıkrası uyarınca da gelir vergisi istisnasından faydalanılması mümkün olup, aynı anda her iki istisnadan faydalanılamayacağından, 3218 sayılı Kanunun Geçici 3 üncü maddesinin ikinci fıkrası uyarınca gelir vergisi stopaj teşvikinden faydalanmak istenmesi halinde, başlangıçta bir tercihte bulunulması ve bu tercihe göre gelir vergisi istisnasından faydalanması gerekmektedir. II-Kurumlar Vergisi Kanunu Yönünden: 3218 sayılı Serbest Bölgeler Kanununun Geçici 3 üncü maddesinin birinci fıkrasında, "Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla bu Kanuna göre kurulan serbest bölgelerde faaliyette bulunmak üzere ruhsat almış mükelleflerin; "a) Bu bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetleri dolayısıyla elde ettikleri kazançları, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla faaliyet ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın 31.12.1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 94 üncü maddesinin birinci fıkrasının (6) numaralı bendinin (b) alt bendi kapsamında yapılacak tevkifata etkisi yoktur." hükmü yer almaktadır.   Aynı maddenin ikinci fıkrasının (a) bendinde de serbest bölgelerde üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin bu bölgelerde imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettikleri kazançları Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihi içeren yıllık vergileme döneminin sonuna kadar gelir veya kurumlar vergisinden müstesna tutulmuştur. 1 Seri No.lu Kurumlar Vergisi Kanunu Genel Tebliğinin "Geçiş döneminde kurumlar vergisi istisnasının kapsamı" başlıklı 5.12.3.2. bölümünde; "Serbest Bölgeler Kanununun geçici 3 üncü maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi uyarınca, 6/2/2004 tarihine kadar (bu tarih dahil) serbest bölgelerde faaliyette bulunmak üzere faaliyet ruhsatı almış mükelleflerin, ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetler dolayısıyla elde ettikleri kazançlar kurumlar vergisinden istisnadır. İstisna, sadece faaliyet ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere serbest bölgelerde yürütülen faaliyetlerden elde edilen kazançlara ilişkindir. Dolayısıyla, serbest bölgelerde şubesi bulunan kurumlar ile kanuni veya iş merkezi serbest bölgelerde olan mükelleflerin, bu bölgeler dışında yürüttükleri faaliyetlerden elde ettikleri kazançlar istisna kapsamında değildir." Aynı Tebliğin "İstisna kazanç tutarının tespiti" başlıklı 5.12.3.3. bölümünde "Serbest Bölgeler Kanununun geçici 3 üncü maddesinin birinci fıkrasının (a) bendinde yer alan istisna, bir kazanç istisnasıdır. Dolayısıyla, mükelleflerin serbest bölgelerdeki faaliyetlerinden elde ettikleri hasılattan bu faaliyetlere ilişkin olarak yapılan giderlerin düşülmesi sonucu bulunacak kazanç, kurumlar vergisinden istisnadır." açıklamalarına yer verilmiştir. Öte yandan 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 5 inci maddesinin üçüncü fıkrasında "İştirak hisseleri alımıyla ilgili finansman giderleri hariç olmak üzere, kurumların kurumlar vergisinden istisna edilen kazançlarına ilişkin giderlerinin veya istisna kapsamındaki faaliyetlerinden doğan zararlarının, istisna dışı kurum kazancından indirilmesi kabul edilmez." hükmüne yer verilmiştir. Yukarıda yer alan hüküm ve açıklamalara göre:   - Serbest bölgede faaliyette bulunan şirketler anılan bölgede yürüttüğü faaliyetlerden doğan kazançlarının 3218 sayılı Kanunun geçici 3 üncü maddesi çerçevesinde istisna kapsamında değerlendirilmesi nedeniyle istisna uygulanacak kazancın elde edilmesine yönelik olarak yapılan harcamalar için Ar-Ge indiriminden yararlanılması mümkün değildir. Ancak serbest bölgede yürütülen Ar-Ge faaliyetlerin şirketin kendi faaliyetiyle ilgili olması ve anılan Kanunda yer alan istisnalara konu olmaması durumunda, bu faaliyetle ilgili yapılan harcamaların Ar-Ge indirimi kapsamında değerlendirilmesi mümkündür.