I- Gelir Vergisi Kanunu Yönünden: 1 seri no.lu Serbest Bölgeler Kanunu Genel Tebliğinin "3.1 Üretilen Ürünlerin FOB Bedeli" başlıklı bölümünde, "3218 Sayılı Kanunun geçici 3 üncü maddesi uyarınca, 1.1.2009 tarihinden geçerli olmak üzere, serbest bölgelerde faaliyette bulunan mükellefler tarafından bölgelerde üretilen ürünlerin toplam FOB bedelinin en az 85 inin yurt dışına ihraç edilmesi kaydıyla, istihdam edilen personele ödenen ücretler gelir vergisinden istisna edilmiştir. Bölge içinde üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin üretime ilişkin istihdam ettikleri tüm personele ödedikleri ücretler gelir vergisinden istisna edilecektir. Üretim faaliyeti ile birlikte başka konularda da faaliyette bulunan mükelleflerin satış, pazarlama, muhasebe, lojistik vb. departmanlarında çalışan personelleri de istisna kapsamında değerlendirilecektir. 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun "İndirim, İstisna, Destek ve Teşvik Unsurları" başlıklı 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasında, kamu personeli hariç olmak üzere, Ar-Ge merkezlerinde çalışan Ar-Ge ve destek personeli ile bu kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin; bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseni gelir vergisinden müstesnadır." hükmüne yer verilmiştir. Serbest bölgede kurulan Ar-Ge merkezinizde şirketin üretim faaliyetiyle ilgili araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde bulunulması halinde, Ar-Ge merkezinde çalışan personele ödenen ücretlerin de 3218 sayılı Kanunun Geçici 3 üncü maddesinin ikinci fıkrasının (b) bendinde düzenlenen istisna kapsamında değerlendirilmesi mümkün bulunmaktadır. II-Kurumlar Vergisi Kanunu Yönünden: Serbest bölgede faaliyette bulunan şirketin, anılan bölgede yürüttüğü faaliyetlerden doğan kazançlarının 3218 sayılı Kanunun geçici 3 üncü maddesi çerçevesinde istisna kapsamında değerlendirilmesi nedeniyle istisna uygulanacak kazancın elde edilmesine yönelik olarak yapılan harcamalar için Ar-Ge indiriminden yararlanılması mümkün değildir. Ancak serbest bölgede yürütülen Ar-Ge faaliyetlerinin şirketin kendi faaliyetiyle ilgili olması ve anılan Kanunda yer alan istisnalara konu olmaması durumunda, bu faaliyetle ilgili yapılan harcamaların Ar-Ge indirimi kapsamında değerlendirilmesi mümkündür. Şirkete ait ruhsatın "üretim faaliyeti için" düzenlenmesi durumunda, söz konusu ruhsat kapsamında şirketin serbest bölgede elde edilen kazançlar istisna kapsamında değerlendirilmekle birlikte şirketin Ar-Ge merkezinde ürettiği ve Ar-Ge harcaması olarak 263 Ar-Ge harcamaları hesabında aktifleştirdiği maddi olmayan varlıkları satması durumunda satıştan elde edilecek kazançlarla ilgili olarak 3218 sayılı Kanunun geçici 3 üncü maddesi çerçevesinde kurumlar vergisi istisnasından yararlanması mümkün değildir.