Teknoloji Geliştirme Bölgesi'nde Ar-Ge faaliyetinde bulunan şirketlerin bu faaliyetlerde görev alan şirket ortağı ve yönetim kurulu üyelerine yapılan ödemeler dolayısıyla stopaj teşviki uygulamasından yararlanılıp yararlanılmayacağı konusu aşağıda yazılı olduğu şekilde değerlendirilecektir. Bilindiği üzere, 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu'nun 61 inci maddesinde; "Ücret, işverene tabi ve belirli bir işyerine bağlı olarak çalışanlara hizmet karşılığı verilen para ve ayınlar ile sağlanan ve para ile temsil edilebilen menfaatlerdir. Ücretin, ödenek, tazminat, kasa tazminatı (mali sorumluluk tazminatı), tahsisat, zam, avans, aidat, huzur hakkı, prim, ikramiye, gider karşılığı veya başka adlar altında ödenmiş olmasının veya bir ortaklık münasebeti niteliğinde olmamak şartı ile kazancın belli bir yüzdesi şeklinde tayin edilmiş bulunmasının onun mahiyetini değiştirmez." hükmüne yer verilmiştir. Diğer taraftan, 4691 Sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununun 6170 sayılı Kanunla değişik Geçici 2 nci maddesinde; "... Bölgede çalışan; AR-GE ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri, 31/12/2023 tarihine kadar her türlü vergiden müstesnadır. Muafiyet kapsamındaki destek personeli sayısı AR-GE personeli sayısının yüzde onunu aşamaz. Yönetici şirket, ücreti gelir vergisi istisnasından yararlanan kişilerin Bölgede fiilen çalışıp çalışmadığını denetler. Ancak, Bölgelerde yer alan girişimcilerin yürüttükleri AR-GE projesi kapsamında çalışan AR-GE personelinin, Bölgede yürüttüğü görevle ilgili olarak yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirmesi gereken süreye ait ücretlerinin bir kısmı gelir vergisi kapsamı dışında tutulur. Kapsam dışında tutulacak ücret miktarı, Maliye Bakanlığının uygun görüşü alınarak hazırlanacak yönetmelikle belirlenir. Yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirilen sürenin Bölgede yürütülen görevle ilgili olmadığının tespit edilmesi halinde, ziyaa uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan ilgili işletme sorumludur." hükmüne yer verilmiştir. Ayrıca, 6170 sayılı Kanunla 4691 sayılı Kanunun 3 üncü maddesine eklenen bentlerde; "AR-GE Personeli: AR-GE faaliyetlerinde doğrudan görevli araştırmacı, yazılımcı ve teknisyenleri, Araştırmacı: AR-GE faaliyetleri ile yenilik tanımı kapsamındaki projelerde, yeni bilgi, ürün, süreç, yöntem ve sistemlerin tasarım veya oluşturulması ve ilgili projelerin yönetilmesi süreçlerinde yer alan en az lisans mezunu uzmanları, Teknisyen: Mühendislik, fen ve sağlık bilimleri alanında yüksek öğrenim görmüş ya da meslek lisesi veya meslek yüksekokullarının teknik, fen ve sağlık bölümlerinden mezun, teknik bilgi ve deneyim sahibi kişileri, Destek Personeli: AR-GE faaliyetlerine katılan veya bu faaliyetlerle doğrudan ilişkili yönetici, teknik eleman, laborant, sekreter, işçi ve benzeri personeli, Yazılımcı Personel: Yazılım olarak tanımlanan süreçte çalışıp program geliştiren, üreten, alanında yeterli deneyime veya eğitime sahip nitelikli personeli," ifade ettiği belirtilmiştir. Bu hüküm ve açıklamalara göre, AR-GE faaliyetlerine fiilen katılan şirket ortağı veya yönetim kurulu üyelerine bu çalışmaları karşılığı ödenecek ücretler için diğer şartları da taşıması kaydıyla anılan teşvik hükümlerinin uygulanması mümkün bulunmaktadır.