I- Kurumlar Vergisi Kanunu Yönünden Değerlendirme:
5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 2 nci maddesinde vakıflara ait iktisadi işletmeler kurumlar vergisi mükellefleri arasında sayılmış olup bu maddenin beşinci fıkrasında, vakıflara ait veya bağlı olup faaliyetleri devamlı bulunan ve sermaye şirketleri ile kooperatifler dışında kalan ticari, sınai ve zirai işletmelerin vakıfların iktisadi işletmeleri olduğu; altıncı fıkrasında da vakıflara ait iktisadi işletmelerin kazanç amacı gütmemelerinin, faaliyetlerinin kanunla verilmiş görevler arasında bulunmasının, tüzel kişiliklerinin olmamasının, bağımsız muhasebelerinin ve kendilerine ayrılmış sermayelerinin veya iş yerlerinin bulunmamasının mükellefiyetlerini etkilemeyeceği, mal ve hizmet bedelinin sadece maliyeti karşılayacak kadar olmasının, kâr edilmemesi veya kârın kuruluş amaçlarına tahsis edilmesinin bunların iktisadi işletme niteliğini değiştirmeyeceği hükme bağlanmıştır.
Aynı Kanunun geçici 2 nci maddesinde, 1/1/2008 - 31/12/2025 tarihleri arasında dernek veya vakıflarca elde edilen Gelir Vergisi Kanununun 94 üncü maddesinin (5) numaralı bendi ve geçici 67 nci maddesi kapsamında kesinti suretiyle vergilendirilmiş kazanç ve iratlar dolayısıyla iktisadi işletme oluşmayacağı hükmüne yer verilmiştir.
Vakıflar tüzel kişilikleri itibarıyla kurumlar vergisi mükellefi olmamakla birlikte iktisadi işletme oluşturacak şekilde ticarî, sınaî ve ziraî faaliyetlerinin bulunması halinde oluşacak iktisadi işletme nezdinde kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis edilmesi gerekecektir.
Bu hüküm ve açıklamalara göre, vakfa ait olup kiraya verilen taşınmazlara ilişkin kira ödemelerinden Gelir Vergisi Kanununun 94 üncü maddesinin (5) numaralı bendi uyarınca vergi tevkifatı yapılmış olması halinde, söz konusu taşınmazların kiraya verilmesi nedeniyle vakıf bünyesinde iktisadi işletme oluşmuş sayılmayacak ve kira ödemelerinden yapılan vergi tevkifatı nihai vergilendirme olacaktır.
Ancak, söz konusu taşınmazlardan bir kısmının tevkifat sorumluluğu bulunmayanlara kiraya verilmiş olması durumunda ise kira ödemelerinden vergi tevkifatı yapılmayan taşınmazların ticari amaç güdülerek veya hacim ve ehemmiyet bakımından ticari metot ve usulleri gerektiren bir organizasyon dahilinde kiraya verilmiş olması halinde, bu kiralama faaliyeti nedeniyle vakıf bünyesinde oluşacak iktisadi işletme için kurumlar vergisi mükellefiyeti tesis edilmesi gerekecektir.
II- Emlak Vergisi Kanunu Yönünden Değerlendirme:
Tapu kütüğüne "korunması gerekli taşınmaz kültür varlığıdır" kaydı konulmuş olan taşınmaz kültür varlıkları ile arkeolojik sit alanı ve doğal sit alanı olmaları nedeniyle üzerlerinde kesin yapılanma yasağı getirilmiş taşınmaz kültür ve tabiat varlıkları olan parsellerin her türlü vergi, resim ve harçtan muaf tutulması gerekmekte olup söz konusu taşınmazın basit usulde vergilendirilenlerin dışında ticari faaliyetlerde kullanılması halinde emlak vergisinin yarısı ve çevre temizlik vergisinin tamamına ilişkin olarak bu muafiyet hükmü uygulanamayacaktır.
Ayrıca söz konusu taşınmaz üzerinde, getirilen kesin yapılanma yasağına aykırı olarak tesis edilen yapılar bulunması halinde, bu yapılar yıkılıncaya kadar bahse konu muafiyetin uygulanması mümkün değildir.